Obeštećenje predstavlja osigurani iznos koji Agencija isplaćuje fizičkim osobama, trgovačkim društvima, neprofitnim institucijama i jedinicama lokalne i područne (regionalne) samouprave čiji je proračun za prethodnu godinu iznosio najviše 500.000,00 eura kada nastupi osigurani slučaj. On se utvrđuje nakon prebijanja ukupnih depozita i ukupnih dospjelih obveza deponenta prema kreditnoj instituciji na dan nastupa osiguranog slučaja, a najviše do iznosa od 100.000,00 eura.